La Cour de justice de l'Union européenne statue sur les litiges pouvant survenir entre la Banque et les États membres et, s'il y a lieu, examine la légalité des décisions du Conseil des gouverneurs et du Conseil d'administration. La Cour peut également statuer sur les différends opposant la Banque à un emprunteur ou un prêteur sous réserve que le contrat de financement le stipule.